80年代にトム・クルーズの人気を不動のものにした映画「トップガン」が帰ってきた。

トップガンと呼ばれる海軍のパイロット育成学校に、伝説となったマーヴェリックが教官として戻ってきた。
彼は空の魅力と厳しさを心得ており、訓練生に戦闘機の操縦や任務遂行の難易度を伝えるが、彼の独自の教え方に訓練生は困惑し反抗する。
その中には、マーヴェリックの亡くなった親友グースの息子であるルースターもいた。
ルースターはマーヴェリックに対して憎しみを抱き、彼と対立するが・・・。